有些朋友的葫芦丝吹了一段时间以后，会发出一股难闻的气味，葫芦里有锯末状细碎异物飘出，甚至有小虫子爬出。这种情况比较严重，就会直接影响人的身体健康。有的葫芦丝初学者就是因为吸入含有大量霉菌的“怪气”（用“倒吸”的办法处理葫芦丝发音不正常的故障或在乐句之间换气时，吹咀距离嘴唇太近都会吸入葫芦内的气体）而引致上吐下泻的。出现这种情况是因为有的葫芦丝制作厂家对葫芦内壁的防腐处理不够好；更重要的是，吹奏葫芦丝时潮湿气流的凝结水在葫芦内没有得到及时挥发而导致霉变。
关于口水太多的问题：
有的初学者吹奏过程中嘴角冒气泡，有的练习不到半小时，从葫芦里倒出来的唾液就有半杯。如此不但不雅观，还影响正常的演奏。为了避免唾液太多的情况出现，一是注意在练习之前不进食容易“诱发”唾液的食物（如糖果、酸甜水果等），不宜大量喝水。二是在吹奏练习中有意识地控制唾液分泌量，利用换气音隙下咽唾液，以免越积越多。
葫芦丝内积有过多的水，就要暂停练习，将吹咀朝下倒放或者倒挂几分钟，待积水排净再继续练习。再则就是在练习吹奏之前要漱口、洗手，这样就可以保持葫芦丝的净洁。
