由於乐曲的情感、风格和技巧的不同要求，指法在运用中也是不断变化的（这里是指某一个调子中的指法变化）。如sao指法中的第六、七、八三个音孔，通过与气的配合控制，都可以分别发出sao的音高，而第八音孔又可以发出la、si、do三个不同的音高；还有用re的指法，mi、fA、sao三个音都可由第八音孔发出，如果第四五六音孔手指为半保留指时，再加以唇气配合，可以发出一个八度内的几个音，当然这里一般多适用於仿吹慢板中的唱腔。还有一种特殊的泛音控制方法，由一个音孔发出几个高度不同的音，以sao指法为例，“5”可发出5512，“6”可发出6623，但一般很少用这种指法，所以也比较难掌握。如“百鸟朝凤”中的“春鸪鸪”的叫声，均由单开第六孔发音全按作re指法。从这里也可以看出，几个不同的音孔，可以发出同一个音高，一个音孔又可以发出几个不同高度的音。另外，还有借孔指法，如吹奏河北梆子唱腔时，高音多采用上借孔指法sao指法，do由do的上一孔re发出，re由re的上一孔mi发音（在奉高音时，略开第八音孔，也属於特殊的借孔指法）。上借孔指法所发出的音，给人一种轻松明亮之感，而且省力，不过仅适用於慢板唱腔中的摹仿，而且多用於高音区；下借孔指法发出的音（如re指法，sao由fa音孔发出），有刚劲内在之感适用，於上把位的中音区。奏山东民间乐曲和地方戏曲时，用re指法，上把位的mi和sa0连用时，可采用高控制方法使，mi音孔发出mi、sa0和sao、mi两个音高，其效果细腻圆滑；而吹奏si、la、sa0三个吾时，又可同时半开do、si、la三个音孔，采用低控制方法而发音，其效果含蓄诙谐。由於乐曲情绪的变化和内容的需要，上下把位的同度音，也可随之变化（特别是在同乐句重覆时）。如re指法①56562321和②56562321，①中的2321用上把位，②中的2321就换用了下把位，这种上下把位交替的手法也属於拍法的变化运用。运用这种手法，使音色和效果产生了鲜明的对比，丰富了乐曲的表现力。
指法的变化与高音和超吹高音的音准控制运用也有著特殊的关系。如sao指法中的“mi、fa、sao三个高音中的mi，有时发音不纯正此时可以将re音孔作为保留指，或者是用mi的泛音指法保留mi以F的三个音孔的手指，还可采用将第八音孔略开少许（如同西洋管乐打开高音键一样）的方法。高音fa、sao不易吐奏发音，可采用尽量少开多按的指控方法，再加以手指的速开速按以及顿吐的方法给以配合，一般可以确保这两个音的吐奏果（sao的吐奏难度更大一些，必须有正确的口形和一定的口角力）。另外，由於用保留指而破坏了旋律的连贯性、流畅性，在这种情况下可以把保留指变为发音孔为半保留指（开半按）的方法。如la指法奏23463432l-时，其中的fa音就由原来的mi音孔保留指变为半开fa音孔而发音。
指法在运用中，必须是有目的有根据地变化运用的，否则将会产生所得其反之效果。特别吹奏现代创编乐曲，以及伴奏、合奏、重奏乐曲时，一定要根据具体情况，确定合理的指法（包括定调指法），切不可随便滥用。
指法和口形，虽然是两个问题，但它们往往又是密不可分的。尤其是音准控制和音高变化及特殊技巧等，都需要它们两者的密切配合。如re指法，吹奏超低音（低於指法中最低音）的do时，按住re音孔发出do音（重降re）。由於指法发生了变化，口形也随著发生大幅度（双唇放松前伸）的变化，当然气息控制也需要给以相应的配合；相反，在第八音孔mi音上发出sao音时，由於采用了特殊的指法，口形也随之给以相应（双唇後收拉紧）的配合，这里同样也不能忽略气息控制的协调作用。《百鸟朝凤》中的各种鸟鸣，由於特殊的音响，需要特殊的技巧，所以必须通过特殊的指法与特殊的口形相配合才能擭得。以猫头鹰的叫声为例，它需要的口形，既不是双唇後收略包牙尖，也不是双唇放松前伸，而是口角签收，口轮匝肌紧贴牙床，下巴上提，有闭嘴感，双唇呈扁平状态，类似微笑状。而指法，既不是开某一个音孔，按某一个音孔，也不是全开全按某些音孔，而是多指同起同落略渐开略渐按某些音孔，所有活动的手指基本上不离开杆壁。又如河北的筲音技巧，虽然是弱音的一种，但由於采用了特殊的口形（上唇向前触哨片根部，下唇后收触哨启接近哨片部份，上唇用力向上和下唇用力向下，有扩大口腔张嘴感）和特殊的指法（除si开第一二音孔外，其他各音是用哪个音开哪个音孔的指法）相结合，所以发出的音具有别具一格的特殊色彩。
