《与古斋琴谱》其实并无琴谱，它是祝桐君的论述专集。从打谱、制曲、演奏几个方面，分析了琴曲音乐的墓本要素，同时也谈到了一些具体方法。
关于打谱，他指出：需要经过师承传习和深入了解谱本的特点，此外还需要心、手、耳、目并用。针对琴谱中“唯其节奏颇难谐洽”，这一主要问题，他介绍了自己打谱的经验说：逐字“连成句读，凑集片段”。认为节奏“要不外于联断、疾徐、踢宕、收纵。一曲始终，必得其纲，起、承、转、合四者以成之”。又说：“全曲节奏，始从缓起，渐渐入紧萦聚，复踢宕开，再作收结”。同时，他也注意到了曲调，说：“必须依永，和声，而后能合节”。为此，他借用了工尺谱中点板来帮助标记节奏。
关于制曲，他说：“凡人之情”，都可以运用五音二变，“因音以成乐，因乐以感情。”在这里，他列举了自然现象，如：“山水之巍峨洋溢，草木之幽芳荣谢”等，说这“一切情状皆可宣之于乐，以传其神，而合其志”。通过描绘客观事物的“情状”，来表达主观世界的“神”、“志”，正是运用形象思维的创作方法。他还分析了各种音乐表现手段之间的关系，说：“题神（即主题）用调（包括调式）、用音（曲调进行）、节句（句式）、收音（终止式）、叶叠（呼应和再现）、接息（联接和息止）、谐突（音程的谐和与突起）为大纲领；又必兼明其绰注（上、下滑音）、吟揉（颤音）、逗撞（按音装饰）、泛按（音色对比）、清浊（高低音对比）、轻重、疾徐等用，以资相济。”
他在《补义》中，又把上述的意思加以简化说：“用调、收音、起接三者为纲领，而秉乎清浊、轻重、疾徐之相成。”他也注意到了主音在明确调性中的作用，并把它比之为诗赋押韵；“顺逆连间，文成句读，而于每句末字以一音而归注之，犹之诗赋之押于某韵。即所以传其神情各别也”。他还注意到音阶中各音程关系对调性的决定作用，说：“宫、商、角三音连为一例（即大三度）, 徵、羽二音连为一例（大二度），分之为三、二，合之以成五。”“惟变徵与徵，变宫与宫则不然”（半音关系）。他认为这些音程关系“各家刻谱，无有明之者”，因而遇有换调转弦之曲，常常引起误解。如：《渔歌》“所收四弦即是徵音”，而不应再看作是商音。
关于演奏，他再一次强调了节奏的重要作用，说：“虽同其音，或异其节，神情各别。”他引用昆曲中的术语，解释各种节奏变化，包括：头板、腰板、底板、闲板以及紧板、慢板等。指出：“紧慢之板，均必得匀拍，总谓之节奏。”同时指出要注意：‘慢得情联而不绝，紧得意蓄而不泄”。他自己的经验是“勤于习练，日弹千遍”，才能逐步理解琴曲。他认为学琴经历有三个阶段：“初变知其妙趣（开始懂得它好听），次变得其趣妙（进一步理解它的用意），三变忘其为琴之声（化为自己情志的表现）。”成功的演奏家一般都会有这三种逐步深入的境界，祝氏的这个经验的总结，具有普遍的意义。
