报着“改进并创造中国音乐”的目标，1941年卫仲乐与金祖礼、许光毅共同创办了中国管弦乐队，每周六晚上练习，乐队成员大多是卫的学生。乐队在其领导下，继承传统，勇于探索创新，在乐队声部的编配、和声织体等方面反复试验改进，比传统丝竹乐队有了很大的发展，除排演《春江花月夜》等传统曲目外，还排演聂耳的《金蛇狂舞》、《翠湖春晓》；刘天华的《变体新水令》；沈知白的《洞仙舞》；卫仲乐的《流水操》等一大批新作品，成为当时最大的国乐团体1945年10月，中国管弦乐队与梅兰芳剧团在兰心大戏院同台演出，庆祝抗战胜利。其后中国管弦乐队的活动日益频繁，1947年扩展改名为中国管弦乐团，活跃在舞台上。30年代以来，他曾在上海美术专科学校和沪江大学等任教。1954年，他随中国文化代表团到印度、缅甸和印度尼西亚访问演出。1955年起，他任上海音乐学院教授及民乐系副主任、主任等职。1962年起任中国音乐家协会上海分会副主席。
卫仲乐从20～30年代起，就力求使其演奏深入浅出，雅俗共赏。他主张在保留传统乐曲骨架和精髓的前提下，按删繁、理乱、补不足的原则加以整理。其演奏不拘于师承，追求鲜明的个性，强调精心布局，准确把握力度、速度和音色变化。他演奏的琵琶武曲《十面埋伏》风格雄浑遒劲、富有气魄；文曲《塞上曲》则清新质朴、柔中有刚。他还善于在演奏一种乐器时融合他种乐器之长，如演奏琵琶时，常吸取古琴吟猱多变的手法，使之气韵生动；演奏琴曲《醉渔唱晚》、《流水》时，则发挥其演奏琵琶的功力，潇洒而有气势；他吹箫常具有笛子清亮的音色,吹笛则又有箫的清幽余音。
卫仲乐在演奏上讲究气质和气魄，注重表现乐曲的内涵，对传统乐曲的处理不拘前人，具有独创精神。他毕生致力于民族器乐事业，精通的乐器相当多，如笛、箫、二胡、琵琶、古琴等乐器，其中尤擅长琵琶，对传统乐曲的处理首重表现乐曲的内涵，富有独创，讲究气韵。擅长的琵琶曲有《十面埋伏》、《春江花月夜》、《阳春白雪》、《霸王卸甲》等；古琴曲有《醉渔唱晚》等；二胡曲有《月夜》、《病中吟》等。
他不仅精于琵琶、古琴、二胡、箫、笛的演奏技艺，而且对小提琴亦有相当高的演奏水准。一位颇负盛名的外国音乐家在听过卫仲乐的小提琴演奏后，十分惊讶，认定卫仲乐可以成为一流小提琴演奏家而劝他深造。当时卫仲乐早已献身民族音乐，并不认为自己“可以成为一流小提琴演奏家”而改变献身民族音乐的初衷。
在他的一生中，无论环境如何恶劣，生活如何艰苦，也没有离开民族音乐这块阵地一步。他始终秉承郑觐文先生的教诲，实实在在地在“（捍）卫中（国音）乐”。正因为卫仲乐于民族音乐的贡献良多，人们时常记着他。
卫仲乐录制唱片有《中国古典音乐》等8首和《塞上曲》、《阳春白雪》等，已在国内外发行。还写了一些民乐合奏曲及《我是怎样演奏〈十面埋伏〉的》等文章。
