明代进入了一个稳定持续发展并不断承旧趋新的时期。明代嗜琴成癖的皇帝很多，如明宪宗（成化）能琴，名冠一时，传世明琴中常见有“广运之宝”印鉴的各式成化御制琴。明思宗（崇祯）也喜好鼓琴，能弹30余首古曲，兴致所至，“鼓琴多至丙夜不辄休”。明代擅琴的太监也很多，著名的如明中叶的戴义、黄献、胡喜諌等。明代藩王造琴、刻谱之多，堪称空前，尤其是宁王、衡王、益王、潞王，皆好琴，故而官宦及民间弹琴之风盛行一时。
作为明代琴乐发达的标志，私人集资刊印琴谱蔚然成风。不少文人士大夫提倡琴学，将古代传承下来的琴曲，以及民间尚在流传的曲目，编纂成谱集，并对其表现内容给予研究和阐释。从15世纪初到19世纪末的500年间，先后刊印的琴曲谱集达数百种之多，留传至今的尚有150余种。这不仅使许多古曲得以保存，也促进了不同琴派、师承之间的琴艺交流。
明洪熙年间的《神奇秘谱》（1425年），是现存年代最早的重要琴曲谱集。编者朱权（1378——1448年）是明太祖朱元璋第十七子。《神奇秘谱》于洪熙元年（1425年）刻印刊行，共分3卷。上卷称《太古神品》，收16曲，大多为北宋以前的名曲；中、下卷称《霞外神品》，收48曲，是在宋元间流传较广的琴曲。《神奇秘谱》是历史上声望最高的传谱，它对于研究隋唐宋元间的古琴艺术和中国古代音乐的流变，具有重要意义。《太音大全集》是现存年代较早的琴论专集，内容包括制琴、琴式、手势、杂论、指法、调意等等。其中保存了不少早已散佚的唐宋琴论琴书，如唐赵耶利、陈居士、陈拙，宋田芝翁、杨祖云等人的指法材料。明嘉靖年间琴家汪芝所辑《西麓堂琴统》，也是一部很重要的琴谱。此谱共有25卷，对于研究汉魏六朝以来的琴曲艺术成就，具有重要价值。明代另一部重要的古琴文献，是明万历间琴家蒋克谦所编的《琴书大全》，全书共22卷。前20卷收录历代有关琴学的记载，包括声律、琴制、指法、曲调、弹琴圣贤以及有关琴的诗文681篇。后2卷为琴谱，收琴曲62首。其收录之丰富，堪称琴学领域中的百科全书。
明代有谢琳、黄土达、杨表正、杨抡等提倡琴歌创作，主张借用古代诗词歌赋来谱曲。由于此派过分强调“正文对音”，在考虑琴歌的词曲关系上，拘于一字一音，在一定程度上束缚古琴音乐的发展。针对琴坛中流行的滥填文词的风气，明代以严澂（号天池）为代表的虞山派琴家，力匡时弊，倡导“清微淡远”琴风，追求博大和平的音乐意境，刊印了《松弦馆琴谱》，在当时琴界产生了很深远的影响。严天池之后，作为虞山琴派宿将之徐上瀛，在继承历代琴乐演奏美学思想的精华之后，更综合了自己无数次的演奏心得和审美体验，提出了和、静、清、远、古、淡、恬、逸、雅、丽、亮、彩、洁、润、圆、坚、宏、细、溜、健、轻、重、迟、速的《溪山琴况》，对后世琴乐审美思想具有深远的影响。
