陶笛用久了，自然而然就要清理，我们在演奏陶笛时要保持口腔的卫生，不管用什么材质制成的陶笛，吹奏前最好养成漱口的良好习惯，一般在清洁陶笛表面时最常用的是用湿棉布擦拭，蘸上清水或者医用消毒酒精均可。瓷笛与塑料制的陶笛可以用水冲洗，陶土烧制的陶笛遇到水会被分解，就不能用水冲洗。
另外陶笛在演奏一段时间后，陶笛的音准会出现不准甚至出现嘶哑的情况，主要是因为吹嘴内的气道有异物在里面。如果是凝结过多的水分，对着陶笛吹口猛吹一下就会通畅。
如果是长期积累的污垢或杂物影响气道，则需要一个合适的小纸条或粗线条来清理气道。我们可以用刀片或剪刀裁一片二倍宽于陶笛气道的厚纸，材质不限，长度比陶笛的气道略长即可，然后折叠成窄窄的条，从吹嘴穿进气道，往复几次就可以了，当然用粗棉细条就清理陶笛的气孔就更好了。
