古代中国的埙
1973年，浙江余姚河姆渡出土了许多支孔数不等的禽骨。这些禽骨经碳十四检测，已有七千年历史，经专家们鉴定，认定他们是先民用以诱捕飞禽的狩猎工具。部分骨哨，至今仍可以吹出简单的音调，与鸟鸣相象。此外，中国最古老的埙也是在这里出土的，不过只有一个吹孔，无音孔，只能发一音。埙可以称之为中国陶笛的最初形态。
陶笛在南美洲
陶笛在南美洲的历史，最早可以追溯到起源公元前2000年，在南美洲的厄瓜多尔出土了一批粘土烧制的器具，其中有一些可以吹奏简单的乐曲。公元前500至600年，玛雅人制作的陶笛可以吹奏完整的音阶。
西班牙占领美洲后，在1527年，陶笛被墨西哥的阿芝台克艺人带到欧洲。1860年Giuseppe Donati在意大利成立了第一个工厂开始制作陶笛，他们对原先流行的陶笛进行了改造，现在看到的意大利十孔陶笛就是在那以后出现的。
第一次和第二次世界大战期间，由于陶笛尺寸小，易于吹奏，为了鼓舞士气，美国军中开始流行这种乐器，为了便于批量生产，一般都采用石膏或塑胶材料，形状多采用小鹅形状和甘薯的形状。在《17号囚房》这部电影可以看到有关这种陶笛的情况。
1963年，英国伦敦的John Taylor制作了第一个四孔的陶笛，四个大小不同的孔好像是二进制的排列，可以组合出十六种不同的状态，第一次用很少的孔实现了更多的音。指法也和以前的顺序指法不同，采用的是交叉指法，此外在还可以扩展为5孔、6孔甚至更多，音域也随之增加。
陶笛在日本
日本陶笛之父明田川孝还是高中生时，参加东京的德国博览会上第一次见到了意大利式陶笛，由此产生了很大的兴趣。1928年，明田川孝进入东京艺术大学雕刻系学习时，开始制作陶笛，并对意大利式陶笛进行改造，使之成为一种正规的乐器，就是现在较常见的十二孔日式陶笛。在日本，陶笛还有一个名字，叫做土笛。随着十二孔日式陶笛在日本的流行，先后出现了很多著名的陶笛演奏家。宗次郎就是其中一位，他的《故乡的原风景》曾出现在香港和台湾拍摄的多部武侠影视剧中，另外还有黑野宏通等知名陶笛演奏家。
陶笛在台湾
在台湾，最早流行的陶笛是秘鲁样式的工艺陶笛，能发声但吹不出音阶，后来经过改进，现在已经成为台湾主要的陶笛样式，大陆称之为台湾式陶笛，常规的形状像一个水滴或心形样式，也有各种变形的陶笛品种。从20世纪九十年代开始，台湾就有蔡宗瀚、游学志等艺术家开始研究秘鲁、英国和日本等地的陶笛，吸取他人的经验，制作自己的产品，并出版陶笛教程和CD、组织陶笛乐队、建设陶笛网站或博客论坛等方式大力推广陶笛。短短的十多年就在台湾掀起了一股“陶笛热”。
在台湾有很多地方都有制作陶笛的地方，比如台北市文山区的禾丰窑、南投县的鼎记陶笛、高雄市的唐山扁笛、还有宗翰陶笛、是诚陶笛等等很多，其中的是诚陶笛陈金续自己研制的陶笛品种，指法和流行的标准六孔的不一样。台湾演奏家游学志先生，在台湾推广陶笛上起到了很大的作用，目前在宝岛吹陶笛的人达120多万。2004年12月18日，在高雄市举办的万人大合奏中，11,551人组成的陶笛演奏方队创造了吉尼斯世界纪录。
陶笛在大陆
在中国大陆，陶笛主要受台湾影响，包括陶笛这个名称也是沿用台湾叫法。近些年来也出现了很多陶笛制作者，这其中有一部分是原来主要制作陶埙的，兼做陶笛，其主流产品的因为是套用埙的指孔，虽然比埙容易吹但指法麻烦；还有一部分制作者为了怕交叉指法教学和制作上的麻烦，套用了中国笛子的指孔排列，对有笛子基础的人很容易上手，但音域过窄；还有一部分是以台湾六孔陶笛为基础，经过模仿和改进，继承了这种陶笛的易吹易学的特点。这些陶笛制作者对陶笛在中国大陆的普及起到很重要的作用，相信不久，陶笛在中国大陆会成为一种普遍的乐器。
