南京师范大学是国家“211工程”重点建设高校，江苏省省属重点大学。南京师范大学音乐学院历史悠久，其前身可追溯到三江、两江师范学堂于1906年开设的图画手工科内的音乐课，新中国成立前为中央大学师范学院艺术系音乐组。1949年新中国成立后，更名为南京大学音乐系，陈洪任主任。1952年全国院系调整时，该系划归南京师范学院，仍由陈洪任主任。此后，陆续从华东师范大学撤消的音乐系及其他一些单位吸收教师，中间虽曾调走少数教师支援新建的南京艺专，但师资力量仍逐步增强，办学规模逐渐扩大，成为江苏省培养中等学校音乐师资的基地。1969年音乐系曾同美术系一道与南京艺术学院、江苏省戏曲学校合并，称"江苏省革命文艺学校"。1972年又与南艺、省戏校分开，重新归属南京师范学院。
为了进一步深化教育教学改革，强化音乐学科建设，拓展南京师范大学音乐学科发展的新领域，在反复论证的基础上，2000年1月5日，经校党委常委扩大会议讨论，决定在音乐系的基础上成立"南京师范大学音乐学院"。3月18日，学院正式挂牌成立。学院现包含"六系一所一部二中心"，即音乐学系、声乐系、键盘系、器乐系、舞蹈系、艺术实践系，音乐教育研究所，大学音乐教研部，继续教育中心和音响实验中心。
建系以来，音乐系曾先后办过四年制本科、二年制专科、三年制专科和招收初中毕业生的5年制专科。1955~1961年曾招收过7届初中直升大专音乐专修科学员，1985~1991年曾实行"二·二分段制"，即新生全部以专科录取，两年后经考试约60%的学生升入本科，其余作专科毕业。
迄今为止，音乐学院已培养毕业生2790人。其中，"文革"前本科毕业生145人、专科毕业生311人、"工农兵学员"316人；恢复高考招生制度后本科毕业生1595人、专科毕业生247人、硕士研究生76人。此外，还有各类成人教育毕(结)业生2905人，外国留学生30余人。
自改革开放以来，音乐学院(系)已承担各级各类科研项目30余项;主编及参编教材60余部，出版专著15部，译著10部，在音乐学术刊物上发表论文300余篇。有100余人次获国家、省部级奖项。此外，还承办过全国师范院校和声学与视唱练耳教学研讨会、中国传统音乐前沿课题研讨会、世界多元文化音乐教育国际研讨会等多次重要的国际、国内及全省音乐教育学术会议。
音乐系(学院)自1952年建立以来，历届系主任(院长)为：陈洪、鲁兆璋、樊德林、郭锳、俞子正、陈小兵。
在音乐系(学院)先后任党总支(党委)书记的有：韩玲、赵良、周庄、潘伯勋、张钰英、王长恩、徐海宁、王长恩。
音乐学院现任党政领导分别是：党委书记王长恩，党委副书记江胜尧；院长俞子正、副院长胡行岗、有德乡(兼)；院长助理韩中健。
学院现有教职员工74人，其中教授7人、副教授20人，博士生导师2人，硕士生导师18人。专业教师中已获得博士学位及在职攻读博士研究生的共8人，已获得硕士学位和在职攻读硕士研究生的20人。作为国家体育与艺术师资培养培训基地的音乐学学科，其硕士点招收声乐、钢琴、器乐、音乐理论等11个方向的研究生。学院现有全日制在读本科生421人，硕士研究生93人，成人教育学员703人。
学院目前拥有随园、仙林两个校区12000余平方米的两幢独立的音乐教学楼，两个大型的音乐厅。教师教学、学生练习用立式钢琴250余架，斯坦威、雅马哈平台式钢6架，手风琴30架，中外乐器350 多件，演出用服装近1000件(套)，图书资料4.5万册，音影资料6500盘(张)，配有全套演出用音响设备。学院还拥有现代化的电钢琴教室、MIDI制作室、多媒体视听教学系统、计算机音乐教学系统、舞蹈练功房、音响视听室等。
学院将进一步加强学科建设，深化教育教学改革，努力拓宽办学思路，强化教学、科研两个中心的地位，以学科和学位点建设为龙头，以音乐教育为品牌，以培养人才为中心，以发展科学研究和扩大社会服务为两翼，根据音乐学科发展规律和社会需求，重新整合、全面规划学院的专业及专业方向，充分提高办学效能，提升办学档次，积极催生新的学科增长点，为创建教学研究型的一流师范大学作出新的贡献。
