演奏马头琴时，通常采取坐姿，将琴箱夹于两腿中间，琴杆偏向左侧。左手虎口稍张开，拇指微扶琴杆，在低把位上，用食指、中指的指甲顶弦、无名指按弦、小指指尖顶弦，小指在演奏中非常重要，它常从外弦下面伸进去顶里弦；在高把位上，由于音位距离很小，各指都以指尖按弦。右手执弓时，以虎口夹住弓柄，食指、中指放在弓杆上，无名指和小指控制弓毛。运弓中，弓毛和琴弦要保持直角状态。马头琴的定弦有多种，因较细的琴弦张在里弦，较粗的弦张在外弦，所以常以反四度关系定弦为a、e，有时也以正四度关系定弦为A、d，正五度关系定弦为d、a，用于伴奏时音域仅一个八度。拉奏方法也与其它拉弦乐器不同，琴弓的弓毛不夹在里、外弦之间，而是在两弦外面擦奏，所以它具有独特的音色，柔和、浑厚而深沉，拉奏起来，特别洪阔、低沉而豪放，富有草原风味。右手弓法有长弓、半弓、短弓、跳弓、连弓、连跳弓、顿弓、打弓、击弓、碎弓和抖弓等，左手指法有弹音、挑音、颤音、打音、滑音、双音、拨弦、揉弦和泛音等技巧，许多装饰音都是由小指奏出的。马头琴的演奏特点是以指甲从弦侧触弦发音，所以音色清晰、明亮，宜于奏出丰富的泛音，具有鲜明的艺术风格。
在辽阔的内蒙古自治区和蒙古族聚居的省、区，人们喜爱马头琴，除作为独奏乐器外，常用于说唱（蒙语说书）、民歌和舞蹈伴奏或与四胡等乐器合奏。传统的马头琴音量较小，只适于在蒙古包和室内演奏；经过改革以后，马头琴的艺术造型更加完美，音量和音域得到显著扩大，已完全适于在舞台或室外演奏，它不仅能够拉奏，还可拨弦弹奏，已成为出色的独奏乐器。还经常参加民族乐队演奏，并成为内蒙古乌兰牧骑（文艺宣传队）的主要乐器，最擅长演奏柔和细腻的抒情曲调，特别适宜演奏悠长辽阔的旋律和为长调民歌伴奏。
蒙古族有许多杰出的马头琴演奏家，他们在继承、发展马头琴艺术上做出了宝贵的贡献，较著名的就有色拉西、巴拉干和桑都仍等。色拉西是深受蒙古族人民热爱的艺术大师，是科尔沁草原马头琴流派的杰出代表。他祖父和父亲都是演奏马头琴的好手，母亲又是歌唱能手，从小接受音乐洗礼和熏陶，九岁学琴，十岁就能独立演奏一般民歌，十九岁拜有名的马头琴手仁钦为师，勤学苦练，技艺精进，形成自己的独特演奏风格。色拉西把毕生的精力都用在钻研琴艺上，直到六十一岁才结婚。旧社会，他背着马头琴在草原上流浪，历尽千辛万苦，奏出人民的心声；新社会，他演奏的是绚丽多彩的颂歌，有些乐曲还录了音、灌制成唱片。桑都仍是色拉西的得意门生，他严格地继承了老师的技艺，吸取传统演奏法的优点，创立了一套新型的演奏技法。左手中指的运用为快速演奏提供了方便条件，不仅能演奏传统乐曲，更擅于演奏现代乐曲。他还在马头琴的改革上做出卓越贡献。当代马头琴演奏家有齐·宝力高、达日玛和巴依尔等。桑都仍的学生齐·宝力高，演奏风格热情奔放，雄浑沉实，是内蒙古新一代马头琴学派的杰出代表。1988年组建了马头琴乐团，培养出许多青年马头琴演奏人才。
马头琴的优秀曲目很多，传统的琴曲风格多样，富于草原特色，曲调委婉，多是描绘自然风光或对马的歌唱。如《朱色烈》、《凉爽的杭盖》、《四季》、《蒙古小调》、《鄂尔多斯的春天》、《清凉的泉水》、《走马》和《马的步伐》等。《朱色烈》是根据同名民歌改编的，“朱色烈”是山峰的名字，乐曲用它来比喻男女爱情的坚贞。《凉爽的杭盖》是描写水草丰美的山林和牧场的夏日风光。《四季》是根据同名民歌改编的，曲调悠扬流畅，描绘了锡林郭勒大草原一年四季自然景色的变化和牧民对家乡的热爱。赞颂新时代、新生活的优秀创编乐曲，有达日玛的《草原新歌》、《新春》，齐·宝力高的《草原赞歌》、《草原连着北京》、《万马奔腾》、《叙事曲》、《在鄂尔多斯草原》、《蒙古胡琴赞》和辛沪光的马头琴协奏曲《草原音诗》等。《草原新歌》取材于锡盟、呼盟民歌，是一曲草原和牧民的赞歌。《草原连着北京》表现了蒙古族人民身在草原、心向北京的炽热豪情。《万马奔腾》描绘了内蒙古千里草原的壮阔建设图景。有人曾经说过：对于草原的描述，一首马头琴曲的旋律，远比画家的色彩和诗人的语言更加传神。这话十分贴切，当一首悠扬的马头琴曲在人们耳边奏响时，你随着那旋律闭目冥思吧……
