巴赫的音乐充满着生气和活力，有人甚至认为他的《b小调崇高弥撒乐》表现了贝多芬的“通过黑暗走向光明”这一思想。
在巴赫的作品中虽然声乐占有很大比例，但是巴赫实际上却是一位器乐作曲家，他留传下来的最丰富的音乐遗产也正是器乐作品。在巴赫的器乐创作中，最得心应手的领域是管风琴，他的一些管风琴作品只是经过后人改编为管弦乐后才得到了流传。巴赫对巴洛克时期的通奏低音和四声部抱有浓厚的兴趣，并为这两方面的发展做出了特殊的贡献。他的和声技巧在力度、表达方式和创造力方面达到了叹为观止的完美境界。巴赫还以调性为基础将重点移到伴奏旋律上，奠定了“巴赫对位法”基础。此外，他的钢琴组曲、前奏曲与赋格曲、钢琴协奏曲、小提琴奏鸣曲和古组曲、大提琴独奏组曲、小提琴协奏曲、《勃兰登堡》协奏曲和乐队组曲，在他的器乐创作中都各有其重要地位。特别需要指出的是巴赫的两卷《平均律钢琴曲集》的应用价值。
1720年，巴赫痛失爱妻，当时正随亲王远游的他未能在妻子临终前和她见上一面。为了寻求精神上的安慰，巴赫把精力全部放在创作中，完成了键盘乐作品《平均律钢琴曲集》第一卷(BWV．846—869)。次年，巴赫迎娶了宫廷乐手的女儿安娜·玛格达蕾娜·维尔肯，继而完成了《平均律》第二卷(BWV．870—893)。这部堪称鸿篇巨制的划时代作品充分展现了巴赫令人赞叹和折服的才华。
《平均律钢琴曲集》以创作实践来证明十二平均律的优越性和实用价值，常被称为“音乐史上最重要的里程碑之一”，“钢琴音乐的《旧约全书》”(贝多芬的32首奏鸣曲则被称为“钢琴音乐的《新约全书》”)。《平均律钢琴曲集》共包括48首前奏曲与赋格曲。用12个均等的半音调律法取代了“纯律”调音，因此作曲家在选调和转调上不在受到限制可以自由选用大小24个调，并自由转调。
如果没有巴赫对平均律的实践，近现代音乐的发展必将延迟很长一个时期。这部作品颇具匠心地就演奏技巧、乐曲风格及情感表达等方面的问题进行了探索，因此它与巴赫的另一部巨作《哥德堡变奏曲》(BWV．988)一起，在整个18世纪一直牢牢地保持着最伟大的键盘乐器独奏曲的地位，其水平之高也只有半个多世纪之后的贝多芬的作品能与之比肩。
此外在巴赫钢琴音乐作品中不能忘记的宏篇巨著是《音乐的奉献》和《赋格艺术》。
1747年，巴赫到波茨坦无忧宫造访了国王腓特烈大帝。这位大帝久仰巴赫盛名，亲自到门口恭候他的到来。巴赫在宫中试奏了很多乐器，其中包括西尔伯曼新研制的钢琴。巴赫根据大帝给予的主题，即兴演奏了赋格曲。回到莱比锡后，巴赫又创作了卡农曲5首、卡农赋格曲1首，连同在波茨坦无忧宫的即兴演奏一起装订成册，题献给腓特烈大帝。这首曲子被后人称为《音乐的奉献》(BWV．1079)。
《音乐的奉献》与后来的《赋格艺术》(BWV．1080)同样称得上震古烁今，是同时达到对位法音乐最高极限的曲集，也是巴赫音乐创作中的最后的纪念碑。《赋格艺术》是对位法中变化最多、最伟大的智慧结晶，其中蕴涵着多姿多彩的想象力，是对位艺术的巅峰。巴赫对自己创作的艺术超拔的曲子是否能被人演奏并不在意，只在乎以此延续对位技巧的命脉。
巴赫虽然没有创造新的曲体，但是他把当时还不完备和没有定型的一些曲体，例如托卡塔、赋格曲、圣咏与幻想曲、圣咏与前奏曲等，加以改造使之臻于完美，从而形成了结构壮丽的形式。
巴赫是所有著名作曲家中水平最高的艺术家。他谙熟那个时代的所有音乐形式，并对其中任何一种都能驾驭自如。后人往往把巴赫看作音乐的创始者，有人甚至称他为近代音乐之父。他的音乐就像汇集百川的大海，以承前启后、继往开来的姿态，将巴洛克时期的音乐带入最崇高的成熟境界，同时也奠定了随之而来的古典主义的基石。受巴赫潜移默化影响的音乐家不计其数：舒伯特、舒曼、勃拉姆斯、勋伯格和德彪西等等，都在其列。巴赫在欧洲音乐史上的这种突出的地位，高尔基的一段话是最好的概括：“如果像山峦般地罗列伟大作曲家的名字的话，我认为，巴赫就是其高耸入云的顶峰，那里，太阳在雪白耀眼的冰峰上永远发射出炽热的光辉。巴赫就是那样，像水晶一样莹洁、透明……”
《第四勃兰登堡协奏曲》
关于巴赫的六首勃兰登堡协奏曲
巴赫在1721年间应勃兰登堡一位侯爵订约而写的这套乐曲，原名是“为几种乐器而写的协奏曲”。巴赫去世后，第一个为他作传的德国音乐学家斯比塔(Philipp Spitta)给这六首协奏曲加上“勃兰登堡”的题称，就此一直沿用至今。巴赫的作品以声乐居多，器乐作品在他那浩瀚如海的作品中地位略显次要，但巴赫为乐队而写的《勃兰登堡》协奏曲却是他的管弦乐曲典范之作，同时也是欧洲管弦乐史上的一个重要里程碑。
《勃兰登堡》协奏曲是按欧洲许多国家流行的“大协奏曲”(Concerto grosso)的体裁写成的——那时这种协奏曲一般是指为几个同类独奏乐器(concertino)而写的乐队作品，而用以弦乐队为主的一组乐器(ripieno)伴奏，或者两组乐器交替演奏以形成各种对比。但巴赫这套协奏曲又有别于当时协奏曲的传统写法——他并不是专为同类独奏乐器、而是别出心裁地在每一首协奏曲中采用互不相同的独奏乐器组合，并将六首协奏曲合并成套。他选择这种或那种乐器组合，并不为求得技巧性的表面效果，而是为了充分揭示和发掘主题的表现力。为此，他使各种不同的独奏乐器组同乐队融合在统一的主题呈示和发展之中，同时又赋予独奏乐器组以交响发展的规模。这样，这套协奏曲就完全逸出当时大协奏曲一般比较类似组曲的形式，初步具备了早期古典交响乐的因素，有如一种室内交响乐。
巴赫这套协奏曲所用的乐队不大，一般弦乐器部分只有十二个人左右。但是十九世纪很多指挥家在演奏时往往任意扩大弦乐队的规模，甚至改易其中的独奏乐器，直到本世纪欧美各国盛行一种室内乐队，才比较复原巴赫时期乐队的样式。
《第四勃兰登堡协奏曲》各乐章
第一乐章：一开始就由两支长笛奏出轻盈秀美的主题。随后，小提琴也参加进来，然后遍及整个乐队。这个基本主题按卡农式模仿的风格一直在发展着，其中起主导作用的是独奏小提琴，它的声部拥有不少高难度技巧。发展部是第一乐章的核心，具有真正交响发展的巨大规模。最后，主题基本上保持原型再现。为了适应主题本身比较轻快的特点，巴赫在这里使羽管键琴的声部，时而同中提琴、时而同独奏小提琴结合在一起，这一点是不同寻常的。
