为了体现《第九交响曲》恢弘的构思，贝多芬大大地突破了原来四个乐章的交响套曲框框：他加长作品的篇幅，全曲演奏时间长达七十分钟；他扩大乐队的编制，在大型管弦乐队的传统组合基础上，终曲中又加用短笛、低音大管、大鼓、钹和三角铁；他有史以来第一次把交响曲的第二乐章——慢板乐章的习惯位置移到诙谐曲乐章之后，以适应主题和形象合乎逻辑的发展，使兼备英雄性和悲剧性的第一乐章通过充满急速进逼的自然谐谑曲乐章和深具哲学式沉思的慢板乐章，发展到尽情狂欢光辉夺目的终曲。
《第九交响曲》的第一乐章是一个磅礴而激烈的斗争场面，是一幅英雄克服重重困难与险阻的恢弘画卷。乐章开始时的一段引子，只是由A和E两个音用下行五度和四度的进行组成一些断续的音调，它的调性并不明确，作者为这一乐章预先安排了这样一个朦胧而荒漠的气氛，好像夜晚雾霭降临，静寂的气氛令人警觉，更使人对过去的苦难更加有感触。而这样的一个氛围正是贝多芬在创作这部交响曲时社会大背景的真实写照——维也纳会议后复辟时期令人窒息的空气的写照。断断续续的音调传递在弦乐中，突然的飞聚以整个乐队在d小调上威严有力地奏出了第一主题。
这个主题的出现确定了整个乐章的总体特性：主题本身包含若干个动机，似号角合奏的形象展现着斩钉截铁般的节奏，非常威武而猛烈；陈述过程中一系列的离调紧张发展，形成了强有力的严峻意志，代表着傲然的正气，不畏强暴的反抗精神；从不减退的活力，使整个乐章始终保持一种坚定而集中的印记。同《英雄交响曲》的第一乐章相同，这一乐章中具有独立意义的动机也相当多，一些在形象内容和特性等方面都同基本主题相对置的其它主题，传达出苦难、同情和悲伤的情绪。例如，乐章的连接段主题就表现出抒情而温柔的感情：这个三度平行进行的流畅如歌的乐句，是在痛苦中对欢乐的幻梦和幸福的憧憬，像是《欢乐颂》的一点幻影(变形先现)，却又教人不敢置信。
乐章的第二主题转入降B大调，如哀怨的叹息，但同时又发出不平之鸣，它在随后的发展中逐渐形成更积极的性格，甚至出现过英雄气概的全奏音调，好像是对第一主题的后一个动机，即被罗曼·罗兰称为“命运”动机的反抗。
但是这些抒情性的形象并没有得到肯定，相反地却让位给悲剧性的严峻形象，乐章第一主题的前一动机以其凯旋般的音调结束这充满动力的呈示部。乐章的发展部很长，它像《英雄交响曲》一样以形象的对置为基础，结合着复杂的复调发展，但主要发展第一主题，特别是“命运动机”的变奏。在这段音乐中，虽然有不断的斗争，但结果依然是第一主题的悲剧性形象占优势。再现部的骚动、愤怒和激烈的斗争使得它从一开始便形成全乐章发展的顶峰。尾声中意外出现的明朗大调因素充满着令人惊心动魄的想象，仿佛是这场严酷斗争的终结。弦乐器的震音半音阶伴奏在管乐器中澎湃、咆哮的音调中，充分体现出在无限痛苦中的坚强意志，气势恢宏，感情悲壮。
第二乐章：悲壮结束之后需要的便是积极的行动。因此，贝多芬选用急速活跃的谐谑曲以代替一般常见的慢板乐章。为了适应宏伟的构思，这一乐章采用复三段体结构，前后两段又各为奏鸣曲形式，总的篇幅相当扩展。在开始的几小节短引子中，已经包含有这一乐章主题的基本音调和节奏，它的几次断续的跳跃进行，同前一乐章基本主题的下行分解和弦(D-A-F-D)一模一样。
《欢乐颂》这一主题的变形在前一乐章中出现过，在这一乐章中还会出现。还有，第一乐章基本主题的两个动机在前一乐章中不但起着主导的作用，派生过其它一些动机和主题，它也要对其它一些乐章继续发生作用——贝多芬就是这样用主导动机的手法使主题与主题之间、乐章与乐章之间密切联系，以保持整部作品的内容和形式的统一。
谐谑曲宏大的基本主题，是贝多芬在正式创作这部交响曲之前八年写的。其节奏结构是酷似奥地利连德勒舞曲的舞曲风格，用赋格曲的形式轻柔地演奏主题的弦乐器发出神秘的飒飒声，而木管乐器在每一小节的强拍上断续地重复着旋律的节拍重音，稍带阴郁的色彩，使人想起虚幻、怪诞的景象、不祥与惊慌的情调、罕见不可禁抑的舞蹈节奏、疾速进行的茫然追逐以及充满动力的发展所形成的力量的爆发，是虚幻和现实形象的交织。
主题在赋格段后改用主调音乐的方式来发展，乐队奏响很有英雄气概的ff的力度。奏鸣曲形式的第二主题转入C大调，它补充第一主题的形象，也略带舞蹈性。其进行富有毅力，神情活跃，勇往直前，这时第一主题的基本节奏型充当其不变的节奏背景。
在发展部中活跃的基本主题的赋格进行，从原来每隔四小节出现压缩为三小节的节奏单位(ritmo in tre battute)，这样的手法使音乐的发展更加动力化。谐谑曲的中段田园诗的幻想境界有别于前后两段的激动不安，音乐以歌曲和舞曲为基础，用一个简短的曲调在各种不同的乐器上(木管乐器、法国号和小提琴)变奏反复，带有牧歌的风味，表现出乡村式的愉悦和欢乐情调。而从两个声部的轮廓和在五度音域范围内的活动看来，又同最后乐章《欢乐颂》主题有着密切的联系。
第三乐章：如歌的柔板。同贝多芬晚期风格的联系最为直接，与其它三个乐章都形成鲜明的对比。这是经历过悲剧性事件和暴风雨之后的沉思，充满着抒情诗意。这一乐章建立在两个主题相互交替和变奏的基础之上，兼有回旋曲和变奏曲的特点，因为其中第一主题有过几次变奏发展，而第二主题每次呈现几乎都保持着原来的形貌。乐章开始时有两小节的短引子，它的音调同第一乐章第二主题的一个因素十分相近。乐章的第一主题在降B大调，是一支沉思般的如歌旋律，它在乐章的全过程中，以其丰富的旋律和变奏的发展，表达出巨大的感情力量。
这个主题的陈述有如沉思，它的进行流畅，其中仿佛可以听到脆弱心灵的轻微颤动和深藏的感情流露，像这样的旋律只有在贝多芬后期作品中才能看到。主题的第一次变奏，和声实际上是没有变化的，只在曲调上增加许多温柔的花饰，因此显得更活泼，也更有生气。第二次变奏由法国号奏出，这在当时乐器制造和演奏技术等条件下，都是十分大胆的创举。第三次变奏改为复拍子(12／8)，由十六分音符组成的旋律进行，再结合着木管乐器和法国号的音响，别有一番田园风味。乐章的第二主题也是抒情性的，略带圆舞曲的特点，但在这里贝多芬把它标明为“小步舞曲风格”(alla menuetto)。它在第一主题的变奏之间两次出现，用以衬托第一主题所专注的哲学式沉思。
